Windows 8 で 親指シフトが使えます

次の環境で親指シフトが使えます。

SONY VAIO PRO 13
Windows 8 Pro (64bit)
ATOK 2013　かな入力
キーボード配列エミュレータソフト「やまぶき」
※「やまぶきR」ではない「やまぶき」

Word 2013、一太郎2013、メモ帳で確認しました。
ただし、（一太郎2013では、大丈夫だったのですが、）Word 2013では、コンピュータの「スリープ」や「休止状態」から復帰後に、ローマ字入力に戻ってしまう不具合が生じました。
でも、大丈夫。この現象は、ATOKメニューのプロパティ（環境設定）から、[入力・変換]の設定項目→[入力補助]→[特殊]の設定一覧にて、[アプリケーションからのモード変更を無視する]にチェックを入れると回避することができます。

お試しください。